Hidroambiente ha mantenido durante toda su historia un Plan de I+D+i con actuaciones nuevas todos los años. Ha desarrollado investigación en programas como INTEK y GAITEK con el Gobierno Vasco, ERABERRITU en varias ediciones con la Diputación Foral de Bizkaia e investigación sin programa por sus propios medios.
Los campos de actividad han estado centrados esencialmente en mejoras de tratamientos de aguas de vertidos de especial dificultad, formiatos, amoniaco a temperatura ambiente, membranas de ultrafiltración, vertederos de tóxicos, etc.
Actualmente, desarrolla un proyecto CDTI de 1 millón de euros en el campo de la potabilización de agua con técnicas inertes.